Die Melitta Gruppe besteht organisatorisch aus einer zentralen Führungsholding (Melitta Group Management) und 17 Unternehmensbereichen. Die Unternehmensleitung definiert die Strategie der Gruppe und steuert das Geschäftsportfolio. Sie wird dabei von sechs Zentralbereichen (Unternehmensentwicklung, Personal, Kommunikation und Nachhaltigkeit, Finanzen, Legal, Compliance & Audit sowie Innovation, Digitalisierung und Start-ups) unterstützt.

Geführt wird die Melitta Gruppe von der Unternehmensleitung. Ihr gehören Jero Bentz, Mitglied der Eigentümerfamilie in vierter Generation, und Volker Stühmeier an. Die Unternehmensleitung handelt gemäß dem Grundsatz der Gesamtvertretung im Rahmen der Satzung und der Geschäftsordnung.

Die Mitglieder der Unternehmensleitung werden von den Gesellschaftern nach Votum des Beirats berufen und orientieren sich bei der Unternehmensführung an den durch die Gesellschafter-Charta definierten Leitlinien. Der Beirat besteht aus sieben Mitgliedern, vier Externen und drei Familienmitgliedern, und agiert auf Grundlage der Beiratsordnung.